1、用法不同：衷心祝福一般用在某件事已经发生或正在发生表达一种更好的期许。衷心祝愿一般是指这个事情还没有发生祝愿希望他发生或者往好的方向发展。

2、出处不同：祝福出自冰心《寄小读者·写信代序》：“这些信的祝福使我相信我会很快康复起来”。祝愿出自巴金《永远向他学习》：“走出医院的时候，我们衷心祝愿郭老早日恢复健康”。