喀什经济开发区归喀什行政公署管理。级别为副厅级，经济开发区领导是行署班子成员。

喀什特殊经济开发区包括喀什园区和乌恰县园区，其中喀什园区位于喀什市北部，有40平方公里，重点发展商贸、金融、保税物流、进出口加工、轻工加工制造业等。乌恰县园区位于乌恰县，有10平方公里，依托伊尔克什坦口岸，重点发展口岸作业、进出口商品物流仓储、进出口产品加工。喀什依托喀什特殊经济开发区，在喀什机场周边区形成“铁路保税区、机场北保税区和出口加工区”三大板块，在机场西侧和南侧形成“跨境产业合作区、生产性配套服务区、地方特色产业区”等功能板块。2010年5月，中央新疆工作座谈会确立了喀什特殊经济开发区的地位。