扣三分的违章有六种。扣三分的违章有违反交通信号灯通行、机动车行驶超过规定时速未达50%、高速公路上驾驶机动车低于规定最低时速、禁止驶入高速公路机动车进入高速公路、违反禁令标志和禁止标线指示、不按规定超车和让行、逆行。