南京到南通所选择的路线不同，会经过不同的地区，具体路线和经过地区如下：

1、从江南这条线路走，会经过南京、镇江、常州、苏州、苏通大桥，最后达到南通。

2、从江北这条线路走，会经过南京、南京二桥、扬州、泰州，最后到达南通。