上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院（创建于1896年）、震旦大学医学院（创建于1911年）、同德医学院（创建于1918年）于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院1985年，更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985工程”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。